Тут находятся постоянные музейные выставки: «Иконы Ярославля», «Природа Ярославского края» и другие. Самая известная из них – экспозиция «Слово о полку Игореве», посвященная знаменитой рукописи, найденной когда-то в местном книгохранилище. Очень интересно посмотреть на Спасо-Преображенский собор – древнейшую из всех сохранившихся построек Ярославля. Также внимание гостей всегда привлекает бывшая звонница со смотровой площадкой, откуда открывается прекрасный вид на историческую часть города.
Все объекты и выставки можно увидеть, купив билет в кассе на территории монастыря.
Музею-заповеднику принадлежат богатейшие коллекции – всего около 300 тысяч экспонатов. Это старинные иконы, рукописи, богатая церковная утварь, драгоценные камни и многое другое. Кроме главной площадки, есть множество филиалов: старинные храмы города, Дом певца Собинова, Музей боевой славы и музей «Космос» в Тутаевском районе, посвященный полету Валентины Терешковой.
В 2015 году музей отметил свой 150-летний юбилей: датой его основания считается 12 января 1865 года – день первого заседания местного общества любителей истории. Так что сегодня это не только крупнейшая, но и одна из старейших культурных организаций города. Сейчас с выставок музея в Спасо-Преображенском монастыре начинается туристическая программа-минимум по знакомству с историей, архитектурой и культурой Ярославля.